A fotontorpedó egy erős, nagy hatótávolságú fegyver, amelyet a Föderáció csillaghajóin már több

mint 150 éve használnak. A korai modellek a maiaktól csak a kifinomultság mértékében és a robbanófej erejében különböztek. A Csillagflotta hajóin manapság legelterjedtebb a 6-os típus. A torpedó egy nyújtott elliptikus testből áll, amely 210 cm hosszú, 76 cm széles és 45 cm magas, tömege - töltés nélkül - 247.5 kilogramm. A fotontorpedó robbanófeje maximum 1.5 kg anyagot és 1.5 kg antianyagot tartalmaz. Ezek több ezer golyócskában vannak egy mágneses mező belsejében - a fegyver ereje a golyócskák számának csökkentésével gyengíthető.

Egy torpedó célkereső, írányító és detonációs rendszereket is tartalmaz, valamint egy

szubtértartó egységet. Az utóbbit az indító jármű saját meghajtó mezője tölti fel a kilövés pillanatában, megnövelve ezzel a torpedó sebességét: Vmax=VI+(0.75 VI/c), ahol VI az indító jármű sebessége, c a fénysebesség. Ha a kilövés alacsony impulzus sebességen történik a torpedó 75%-kal magasabb fénysebesség alatti sebességre gyorsul fel; magas impulzus sebességnél a torpedó nem fog teret váltani. Szubtéri sebességnél a torpedó a szubtértartó kimerüléséig szubtéri sebességen marad, habár ezzel a robbanófej hatásfoka is csökken. Közepes hatásfok esetén a torpedó akár 3.500.000 km-es távolságot is elérhet a fénynél alacsonyabb sebességgel.

A fotontorpedó ballisztikus röppályán is képes haladni; az irányzékát a kilövő hajó, a saját irányító

rendszere vagy ezek kombinációja vezérelheti. Egy fotontorpedó robbanófeje eltávolítható, helyére érzékelők vagy egyéb felszerelések kerülhetnek. Néhány fejlettebb modell térhajtóművel van ellátva, így nagy hatótávolságú szondaként alkalmazhatók. A VIII-as osztályú szonda 1.12 fényévet tud bejárni 9-es fokozaton, míg a IX-es osztályú 2 fényévet ugyanezen sebességen. Egy alkalommal a torpedót arra használták, hogy egy föderációs diplomatát egy fontos találkozóra szállítsanak.

Jelenleg 8 fő fotontorpedó-indító rendszert használnak a Föderációban: