A nanoszondák mikroszkopikus gépek amelyeket a Borg fejlesztett ki az asszimiláció elvégzésének a céljából. Ha a véráramba kerülnek azonnal elkezdik átvenni az irányítást a sejtek fölött. A nanoszondákat azonban lehet gyógyításra is programozni mivel kis méretük miatt oda is bejutnak ahova még szubdermális szikével sem lehet elérni.

2374-ben a Doktornak sikerült nanoszondákat úgy átprogramoznia hogy azok megtámadják a 8472-es faj sejtjeit is asszimilálni igaz nem tudták csak megölni. Ezzel a fegyverrel a Borgnak sikerült kiűznie a galaxisból a 8472-es fajt. Ezek a nanoszondák fotontorpedóba tölthetőek de fézersugárral is a 8472-es fajba jutathatóak. A nanoszondák úgy is beprogramozhatóak hogy csak a vírusos sejteket támadják és semmisítsék meg.