A Föderáció minden tudása az Omega molekuláról titkosított és csak a kapitányi illetve annál

magasabb rangú Csillagflotta tiszteket informálják. Ha egy hajó találkozik a molekulával akkor a komputer letilt minden rendszert és csak a kapitány tudja újra működésbe hozni a hajót. Ezek után kötelessége értesíteni a Csillagflottát akik kiküldenek egy szakképzett csoportot ami megsemmisíti az Omegát. Ez az Omega direktíva amelyet a kapitánynak akár az Elsődleges irányelv semmibevételével is be kell tartania és tarttatnia. Azért hozták ezeket a rendeleteket hogy megóvják a galaxist a teljes pusztulástól ugyanis egyetlen molekula képes megsemmisíteni egy egész civilizációt.

2269-ben egy 127 főből álló kutatócsoport Dr. Ketteract professzor vezetésével a titkos Omega

projekten dolgoztak a Lantaru szektorban. A céljuk az volt hogy egy kifogyhatatlan energiaforrást találjanak. A kutatás kiderítette hogy egyetlen Omega molekulában annyi energia összpontosul mint egy térhajtómű reaktorában. Ketteract úgy gondolta hogy néhány molekulából álló Omegalánc képes lenne számtalan évig energiával ellátni egyetlen civilizációt. Ő és még néhány kozmológus társa úgy gondolták hogy a molekula jelen lehetett a világmindenség születésénél is az ősrobbanásnál sőt mi több ez szolgáltatta hozzá az energiát.

Sikerült egyetlen molekulát szintetizálniuk de az csak a másodperc törtrészéig volt stabil majd

elkezdett destabilizálódni és a kutatóállomás felrobbant megölve ezzel 127 kutatót. A mentőalakulatok furcsa utóhatásokról számoltak be. A kutatóállomás körül 3.2 fényév körzetben szubtéri szakadások jelentkeztek így ebben a körzetben soha többé nem lehetett teret váltani. A Csillagflotta főparancsnokság szerint több ilyen molekula robbanása megsemmisítené a szubteret az egész kvadránsban.

A Csillagflotta ezek után minden adatot titkosított majd megsemmisítette a teljes kutatást és a

Lantaru szektorban lévő állomást is. A Csillagflotta tagoknak pedig azt mondták hogy a Lantaru szektorban természetes okok miatt nem lehet szubtérben haladni. A titkosítások után elnevezték a molekulát Omegának a görög abc utolsó betűjéről és a Föderáció és a többi civilizáció védelmének az érdekében megalkották az Omega Direktívát.

2374-ben csillagidő szerint 51781.2-kor a Voyager találkozott Omegával a delta kvadránsban. Ugyan a kapitánynak be kellett avatnia a legénységet mivel nem kérhetett segítséget a flottától sikerült megsemmisíteniük a molekulákat amelyek destabilizálhatták volna a szubteret a fél kvadránsban. A  molekulák megsemmisítése közben azonban az Omega kezdett stabilizálódni és tanulmányozhatóvá válni.