A Deep Space Nine a Bajor körül keringő kardassziai bányászati űrállomásként kezdte az életét. A Bajor kardassziai megszállása alatt épült, és bajori kényszermunkásokat alkalmaztak rajta. Az akkori nevén a Terok Nor a térség kardassziai erőinek legfőbb adminisztrációs központjaként működött. Amikor a megszállás véget ért, a kardassziaiak elhagyták a Terok Nort, és testvérállomását, az Empok Nort is.

Ezek után a bajori ideiglenes kormány felkérte a Föderációt, hogy megfigyelőként vegye át az állomás irányítását. A Csillagflotta Benjamin Sisko parancsnokot nevezte ki az állomás élére 2369-ben.

Nem sokkal az átvétel után felfedezték a közelben lévő féregjáratot. A járat egy mesterséges anomália, amelyet egy testnélküli idegen faj készített, és lak. Miles O'Brien főnök módosította az állomás pajzsait, ezáltal a DS9 féregjárat közelébe mozoghatott. A DS9 a Gamma Kvadránsba vezető és onnan érkező utazások központja lett. 2370-ben a Domínium kijelentette, hogy a féregjárat Gamma Kvadránsban található vége az ő területeihez tartozik. Egy ezt követő kisebb csatában a Galaxy osztályú USS Odyssey-t el is pusztították. A fenyegetés miatt Föderáció arra is felkészült, hogy elpusztítja a féregjáratot. Mint az új fenyegetés elleni frontvonal, a Deep Space Nine feljebb lépett a Csillagflotta fontossági listáján. A USS Defiantot is az állomás védelmére vezényelték.

Az igen rossz állapotban elhagyott állomás folyamatos fejlesztéseken esett keresztül. Új fegyverzett is kapott. Az eredeti kardassziai tervezés alapján az állomásnak 6 fézerágyúja és 6 fotontorpedó-vetője volt kisebb tornyokra szerelve. A Csillagflotta mérnökök felszereltek egy forgó fegyverrendszert minden toronyra, ezek egyenként 4 XII-es típusú fézerágyút, és 4 fotontorpedó-vetőt hordoztak. Egy rögzített fegyverrendszer minden tornyon további 1 torpedóvetőt, és 18 fézerágyút tartalmazott. Egy behúzható fegyverrendszert is felszereltek, 12-t a lakógyűrűre és 6-ot a fő dokkoló pilonokra. Ezek mindegyike 1 fotontorpedó-vetőt és 5 fézerágyút hordozott.

Nemsokára ki is probálhatták az új fegyvereket, amikor is a klingon Gowron kancellár megtámadta az állomást. A harc eredményeként több tucat klingon hajó pusztult el vagy sérült meg súlyosan. Csak az új Negh'Var diszruptor tüze volt képes megszüntetni a DS9 pajzsait. Az érkező Csillagflotta erősítés hírére a klingonok inkább abbahagyták a támadást, és visszatértek a kardassziai űrbe, jó néhány hónapig tartó konfliktust kezdve a Föderációval.

Amikor a Domínium visszaszerezte Kardassziát, Gowron megújította a Khitomer Egyezményt, és létrejött a föderációs-klingon-romulán flotta, amely a DS9-nél próbálta megállítani a Domínium támadásait.