Habár az űrt legtöbbször "üresnek" gondoljuk, valójában nagy számú anyagrészecske található a bolygóközi és a csillagközi térben. Az anyagok legtöbbje atom méretű, de az atomok akár mikrometeorokká vagy hasonló szerkezetekké is összeállhatnak. Ezek mindegyike potenciális veszélyt jelent a védtelen űrhajóra, amely magas valóságos vagy görbületi sebességgel halad; egy a fénysebesség negyedrészével repülő egy grammnyi tárgy kinetikus energiája eléri a 2.8 TeraJoulest, amely elegendő ahhoz, hogy átüssön egy méter vastag tritániumot.

A navigációs defletkort arra tervezték, hogy megvédje a hajót az ilyen veszélyektől. A vonósugár technológia mellékágaként a navigációs deflektor graviton polarizációs generátort használ, hogy tápláljon egy szubtérmező torzulás erősítőt, amellyel egy "erősugarat" vetít ki a hajó elé. Ez elegendő arra, hogy eltérítse a legtöbb anyagot a hajó útjából, mielőtt az becsapódhatna.

A navigációs deflektor általában a hajó egyik legnagyobb része, főleg akkor, ha egy nagy érzékelőcsoporttal is kombinálják. A Föderációs csillaghajóin a deflektor egy nagy lapos vagy homorú terület, és általában a hajtómű-szekció elején található. A deflektorok nagyjából 7 fokkal el lehet tekerni a normális állapotához képest.

A szubtértekercsek segítségével vágják két részre a deflektor kimenetet. Először ötös csoportokból álló parabolikus pajzsok fésülik át a hajó előtti területet kb. 2 km-es távolságig. Ezek a pajzsok nagyon kicsi erejűek, de elegendők arra, hogy eltérítsék a hidrogén atomokat, és egyéb szubmikronikus részecskéket. Amikor a hajók fénysebesség felett utaznak, és egyes részecskék eltalálják ezeket a mezőket, a részecskék nagyon gyorsan utaznak át a pajzsok felületén és a hajó szubtérmezőjén; emiatt fluoreszkálni kezdenek, létrehozva egy "szivárvány sávot". Ezek a sávok annyira fényesek, hogy gyakran összetévesztik őket a csillagokkal!

A navigációs pajzsoknak más érdekes tulajdonságuk is van: immúnisak a lézerfegyverzet támadására. Ez a transzstatikus fluxus hatás miatt van, ami a deflekciós eljárás egy mellékterméke. Amikor lézersugár összeütközik a deflektormezővel, a hatás létrehoz egy kicsi átjárót a szubtérbe, és a lézersugár ártalmatlanul került át ebbe a régióba. Mivel a sugár nem képes sokáig a szubtérben maradni, ezért pár milliszekundummal később ki is kerül onnan - több fénymásodperccel arrébb. Ennek is köszönhető, hogy már egyetlen nagyobb hatalom sem használ lézert.

A navigációs deflektor rendszer másik része az erős vonó/eltérítő sugár, amely több ezer kilométeres távolságokig tisztítja meg a hajó előtti teret. Ez minden nagyobb tárgyat ellök az útból, amelyek ütközési veszélyt jelentenének.